Berdasarkan Undang – Undang Nomor 35 Tahun 2009 tentang Narkotika, Badan Narkotika Nasional (BNN) adalah Lembaga Pemerintah Non Kementerian (LPNK) dengan struktur vertikal sampai ke wilayah Provinsi dan Kabupaten/Kota. Di Provinsi dibentuk BNN Provinsi,  dan di Kabupaten/Kota dibentuk BNN Kabupaten/Kota. Badan Narkotika Nasional Kabupaten/Kota adalah instansi vertikal Badan Narkotika Nasional yang melaksanakan tugas, fungsi, dan wewenang Badan Narkotika Nasional dalam wilayah Kabupaten/Kota. BNN Kabupaten/Kota berada dibawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Badan Narkotika Nasional melalui Kepala BNN Provinsi. BNN Kabupaten/Kota dipimpin oleh Kepala Satuan Kerja.

Badan Narkotika Nasional Kota Gorontalo Terbentuk pada Tahun 2012. Pada awal terbentuk BNN Kota Gorontalo berkantor di Jl. Gunung Tilongkabila Kelurahan Biawu Kecamatan Kota Selatan. Pada tahun 2013 BNN Kota Gorontalo berpindah kantor di Jl. Hos Cokroaminoto Kelurahan Limba B dan di tahun 2014 BNN Kota Gorontalo resmi menempati gedung baru milik BNN di atas Lahan seluas 1.233 m2  bertempat di Jl. Beringin, Kelurahan Huangobotu, Kecamatan Dungingi, Kota Gorontalo.